Em 2002, o Ministério da Ciência e Tecnologia - MCT, deu início a uma série de ações institucionalizadas no sentido de avaliar o uso do biodiesel como combustível alternativo para substituir parcialmente o óleo diesel no país. Tais ações culminaram inicialmente na formalização do Programa Brasileiro de Desenvolvimento Tecnológico do Biodiesel - PROBIODIESEL, através de duas ações conjugadas. Foram elas, a edição da Portaria 702 do MCT (outubro de 2002) e a liberação de recurso inicial pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq em 2003. Em função de convênio de cooperação firmado entre o MCT e o governo do Paraná (Secretaria de Ciência, Tecnologia e Ensino Superior - SETI) e de acordo com o Extrato de Convênio de Cooperação 01.0029.00/2002 publicado no D.O.U 216 de 07/11/2002, foi instituído no TECPAR o Centro Brasileiro de Referência em Biocombustíveis - CERBIO, para ser o principal executor do projeto PROBIODIESEL. Tal escolha deveu-se ao fato que o TECPAR desenvolve pesquisas com biocombustíveis desde 1984, destacando-se sua atuação no PROALCOOL.

      O CERBIO tem a missão de atuar no desenvolvimento de soluçães tecnológicas inovadoras no campo dos biocombustíveis, além de promover a pesquisa e o desenvolvimento científico e tecnológico da produção e uso de biocombustíveis, O Centro iniciou sua operação em janeiro de 2003 no Bloco C do campus CIC e desde então, tem dado apoio ao MCT em suas ações voltadas ao biodiesel, desenvolvendo projetos sob encomenda daquele Ministério, dentro do Programa Brasileiro de Produção e Uso de Biodiesel.

      Ainda em 2003, foi instituído o Programa Paranaense de Bioenergia pelo Governo do Paraná, através do Decreto Estadual 2101 de 10/11/03, com a finalidade de gerir e fomentar ações de pesquisa, desenvolvimento, aplicações e uso de biomassa no território paranaense, bem como implantar no Estado do Paraná o biodiesel, como um biocombustível adicional à matriz energética. Dentro do Programa Paranaense de Bioenergia, coube a SETI, através do TECPAR a incumbência de promover o desenvolvimento tecnológico do biodiesel. Em 2004, criou-se a Divisão de Biocombustíveis - DBIO, para o atendimento das atividades do Programa Paranaense de Bioenergia, além da prestação de serviços tecnológicos e atendimento de outras demandas externas.

      Em 2011, a Divisão de Biocombustíveis e o Centro Brasileiro de Referência em Biocombustíveis foram unificados e a unidade resultante foi denominada Centro de Energias Renováveis - CERBIO. A sigla CERBIO foi mantida a fim de preservar a identidade do setor e das pesquisas e serviços tecnológicos nele desenvolvidos.