No ano de 2000, comemorando seus 60 anos de existência, o Tecpar assinou um contrato para o fornecimento de 3 milhões de doses da vacina Dupla dT e 4 milhões de doses de vacina Tríplice DTP ao Ministério da Saúde.

Em 2001, foi estabelecida a parceria com a Fiocruz e com a Secretaria Estadual da Saúde para a implantação do Instituto de Biologia Molecular do Paraná (IBMP), no campus CIC do Tecpar, resultando na inauguração do mesmo em abril daquele ano.

Ainda em 2001, a revista "BABT - Brazilian Archives of Biology and Technology " (denominada até 1999 de "Arquivos de Biologia e Tecnologia"), comemorou 55 anos de sua criação. Enquanto a Intec recebeu da Associação Nacional de Entidades Promotoras de Empreendimentos Inovadores (Anprotec), o prêmio de "Melhor Incubadora de Base Tecnológica".

Em 2002, por meio da Divisão de Biocombustíveis (DBIO), o Tecpar passou a operacionalizar o Centro Brasileiro de Referência em Biocombustíveis (Cerbio). Em 2007, o Cerbio se consolidou com a inauguração da Usina de produção de biodiesel do Tecpar.

Nos anos de 2002 e 2003 a Incubadora Tecnológica de Curitiba (Intec) foi eleita modelo para implantação do projeto de desenvolvimento de incubadoras e parques tecnológicos na América do Sul.

Em 2005 é implantada a linha de produção da Proteína Monomérica Tetânica, componente que é conjugado com a vacina Tríplice para formar a vacina Tetravalente. No ano seguinte, o Tecpar inaugurou o Laboratório de Produção da Proteína Monomérica Tetânica.

Em maio de 2005, o Tecpar foi novamente reconhecido com o Certificado ISO 9001, dessa vez pela empresa UL do Brasil LTDA, afiliada da Under Writers Laboratories Inc.

Após anos de estudos, em 2006 o Tecpar também recebeu autorização do Ministério da Saúde para iniciar a produção da vacina antirrábica de uso veterinário pelo método de cultivo celular, sem a necessidade de sacrificar os animais.

Caminhando para o fim da década, no segundo semestre de 2009 foram inaugurados, no campus CIC, o  Laboratório de Madeira do Tecpar e a Planta de Insumos para Diagnósticos em Saúde da unidade técnico-científica regional da Fiocruz, denominada Instituto Carlos Chagas (ICC).