Em 1961, com o IBPT completando duas décadas de existência, o seu idealizador foi desligado da chefia da instituição. A saída de Marcos Enrietti resultou em uma gradativa desarticulação das equipes de pesquisadores especialistas. Com isso, ao longo da década, muitos acabaram deixando definitivamente o instituto para atuar somente na Universidade.

Em janeiro de 1961, através da lei nº 4.544, foi atribuída personalidade jurídica própria e autonomia administrativa e financeira ao IBPT.

Em outubro do mesmo ano, o instituto iniciou a produção de vacina "Cristal Violeta" contra a peste suína.

Em 1963, foi criada a Divisão de Pesquisas Agronômicas do IBPT, marcando o início de importantes avanços na área de pesquisa agronômica no Brasil. Nesse mesmo ano, a instituição é vinculada à Secretaria de Estado dos Negócios da Agricultura.

Em 1966 foi retomada a publicação da revista “Arquivos de Biologia e Tecnologia”, suspensa desde 1957.

Em 1967, ocorreu a conclusão do Laboratório de Análises de Sementes e de um moderno biotério nas instalações da Granja Maria Luiza, em Araucária. No mesmo ano, iniciou-se a fabricação do Soro Hiper Imune que visava a cura dos animais com a peste suína.

Em 1968, os avanços continuaram com a criação do Setor de Inoculantes, que tinha como objetivo o desenvolvimento de tecnologias para a melhoria da produtividade agrícola.

Em julho do mesmo ano, o Laboratório Regional no Norte Pioneiro, em Jacarezinho, montado na década de 1940, foi ampliado e reequipado, expandindo assim a sua capacidade de produção e oferta de serviços.

Durante a década de 1960, o IBPT produziu uma abrangente variedade de vacinas, medicamentos e produtos veterinários. Entre as vacinas se destacam as do tifo aviário, carbúnculo, garrotilho, curso branco, peste suína e antirrábica. Já entre os medicamentos veterinários produzidos se destacam a Aflogistina, Arecina, Stricnina, Novocaina, Pomada de sulfanilamida, Sudoril, entre outros.