No fim do ano de 1950 ocorreu em Curitiba, a II Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC), com o tema “A Industrialização à Margem da Mata Virgem”. Durante o evento, tanto o idealizador do IBPT quanto seus pesquisadores participaram como comunicadores em conferências e seminários científicos.

Na ocasião, Harry M. Miller – Diretor de Ciências Naturais e Agricultura da Fundação Rockfeller na América Latina –  visitou as instalações do IBPT e valorizou a forma como o instituto estava organizado e a sua localização geográfica, uma vez que encontrava-se próximo das principais Escolas de Veterinária e Agronomia.

Dada a necessidade de maior autonomia reivindicada por Enrietti à Secretaria de Agricultura, em janeiro de 1951, o IBPT foi transformado em entidade autárquica com personalidade jurídica própria, o que assegurou maior autonomia à instituição.

Ainda no início da década, na Divisão Experimental de Combustíveis iniciaram-se os estudos sistemáticos sobre o xisto pirobetuminoso e o carvão mineral do Paraná.  A Divisão também desenvolveu o método “Ultra Violeta” para detecção do grau de pureza da gasolina.

Em 1952, foi criada a “Revista IBPT” que tinha como objetivo levar conhecimentos técnicos modernos aos agricultores, criadores e industriais, bem como informar sobre os serviços e recursos oferecidos pelo instituto.

Ao mesmo tempo em que Enrietti enviava os pesquisadores do instituto para realizar cursos de especialização em outras instituições nacionais e internacionais, foram criadas as primeiras bolsas de estudos direcionadas aos estudantes que desejassem estagiar no IBPT.

Em 1953, ao passo que iniciavam as pesquisas sobre a geologia e geografia física do Estado, o Serviço de Geologia finalizou a elaboração dos mapas geológico, fitogeográfico, pluvial e climatológico do Estado do Paraná. Os mesmos foram apresentados durante as comemorações do Centenário da Emancipação Política do Paraná.

A partir das articulações dos pesquisadores do IBPT, cursos de especialização começaram a despontar no fim da década com recursos da CAPES, CNPQ e Fundação Rockfeller. Como foi o caso do I Curso de Fisiologia de Microorganismos, realizado em 1957.

Em 1958 foi criado o Instituto de Bioquímica da Universidade do Paraná (IBUP), constituído pelos pesquisadores da Divisão de Patologia do IBPT, que também atuavam na Universidade.

Durante a década de 1950, apesar das dificuldades enfrentadas devido à falta de recursos no pós-guerra, o IBPT resistiu garantindo a manutenção básica de suas atividades. Além de produzir vacinas e realizar pesquisa básica e aplicada, nesse período, o instituto também passou a formar novos pesquisadores especialistas, sobretudo na área de bioquímica.