Visando atender a uma demanda da rede pública de saúde, em 1991 o Tecpar concebeu e implantou a linha de produção da Vacina Tríplice Bacteriana (tétano, difteria e coqueluche).

No mesmo ano, o Tecpar foi credenciado pelo Inmetro como Organismo de Inspeção Veicular e inaugurou o Centro de Tecnologia Agroindustrial (CTA), em Maringá.

Ainda em 1990, buscando atender a demanda do Programa Nacional de Controle e Erradicação da Brucelose e Tuberculose, o Tecpar retomou a produção de reagentes para o diagnóstico das zoonoses brucelose e tuberculose bovina, implementando uma linha industrial de produção do reativo.

Em 1992, a Delegacia da Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT) passou a funcionar nas dependências do Instituto, no campus CIC.

Em 1993, o Tecpar firmou um convênio com a Fundação Nacional da Saúde para a produção da Vacina Tríplice de uso pediátrico.

Em março de 1994, houveram duas importantes inaugurações no campus CIC do Tecpar: a da sede própria da Intec e a do prédio do bloco B, destinado a abrigar os Laboratórios de Química e Biologia.

Em 1996, o instituto foi certificado com a ISO 9001, pela certificadora alemã TÜV Rheinland, marcando o reconhecimento do sistema de gestão da qualidade do instituto. No ano seguinte também foi reconhecido pelo Inmetro como Organismo Certificador Credenciado.

Em 1999, a instituição firmou um convênio com a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) para a criação do Instituto de Biologia Molecular do Paraná (IBMP). Nesse mesmo ano, o Laboratório de Ensaios Biológicos (LAEB) do Tecpar, desenvolveu uma derme equivalente à humana, produzida para ser utilizada em ensaios de produtos cosméticos.

Ainda em 1999, o periódico “Arquivos de Biologia e Tecnologia” passou  a ser publicado em língua inglesa e foi incluído no Science Citation Index – SCI, rebatizado com o título em inglês "Brazilian Archives of Biology and Technology".

A década de 1990 também foi marcada pelas comemorações dos 50 anos de fundação do instituto e 10 anos do acordo Brasil-Japão.